2023年8月8日，中山大学医学院施莽教授受邀参加福彩3d太湖钓叟传染病研究所系列讲座，作学术报告“基于生命组学方法发现和描述病原体”。报告由传染病研究所研究员刘洋主持，马军、陈新海、柳峰、郑敏、何桂卫等研究员到现场参会讨论并与施莽教授进行了深入交流，线上线下共60余人参加。
在本期讲座中，施莽教授结合自己团队长期的研究工作，生动形象的介绍了宏转录组学、病毒组学以及微生物组学在发现和描述新型病原中的重要作用。首先，施莽教授比较了宏转录组与经典方法在实验设计、样品制备以及操作步骤上发现病原体的差异及优劣，并介绍了宏转录组学在新型病毒发现上的系列成果。这些研究追溯脊椎动物病毒的起源，揭示环境中的病毒的存在，拓展了人们对无脊椎动物的病毒圈的认知。此外，在新冠疫情早期，施教授团队还参与了新冠病毒原初标本的基因组分析，仅花费7天时间即确认了病毒的各项信息，为最快速度确认新冠疫情的病原体提供了重要支撑。
随后，施教授介绍了宏转录组与总病毒组之间的关系。宏转录组学不仅仅可以对新型RNA病毒进行研究，也可以用来发现新的DNA病毒及逆转录病毒。其重点介绍了如何通过总病毒组测序技术发现蝙蝠、“野味动物”及蚊虫中的新病原，及该方法在病毒组生态学上的应用并比较了单病毒分析和病毒组综合分析的异同。接着，施教授以造成猫熊负鼠大批死亡的病原追溯过程为例，讲解了如何结合宏转录组测序发现新的细菌病原体；以山西白蛉的样本的采集分析为例讲述发现新型斑点热立克次体及利什曼原虫新种的过程。宏转录组方法不仅仅局限于新型病毒的发现，还在发现细菌和新型真核病原体方面有着巨大潜力。
最后，施莽教授简要介绍了其实验团队参与搭建的全感染组数据分析云平台和病原微生物计算联合研究中心。该平台用生物信息数据科学+人工智能的方法使得新病毒的发现与生物学特征预测分析更为高效便捷。通过该平台可以对人群、动物、环境虫媒的样本收集及病原组学的本底调查，通过组学方法分析，结合地理信息可用于病原体的溯源及新发传染病的预警。
施莽教授引用徐建国院士的观点进行了总结：“过去：先看到疫情，再到野生动物中寻找病原体，现在，通过反向病原学，我们可以做到先从野生动物中寻找病原体，再确认它们的致病性。”这无疑是病毒研究方法上的变革，利用新型的高通量测序技术和分析手段，能够更高效快速的发现新病毒，了解其特性的新方法，将潜在的疫情流行掐灭与萌芽之中。
报告人简介：
施莽，现任中山大学医学院教授，广东省珠江学者，深圳市国家级领军人才获得者。硕士毕业于香港大学，博士毕业于悉尼大学，后留校成为讲师，2019年加盟中山大学担任教授。主要开展病原基因组学，新病原发现，以及病原体和宿主之间的相互作用的课题，并且致力于将最前沿的高通量测序技术和生物信息学方法运用于病原体的研究，在组学病原学和信息病原学等前沿学科领域做出了许多开创性的工作。施莽教授的学术成果先后在Nature、Cell、Nature Communications、Nature Microbiology、Microbiome、PNAS 等主流国际权威学术期刊上发表，共计130篇SCI论文，总引用率达14772次。
撰稿 | 传染病所
编辑 | 鲍 啦
责编 | 远 山
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